Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC21.29■■□□□ 1
HOXC4P09017 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC4P09017 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC4P09017 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC4P09017 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC4P09017 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC4P09017 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC4P09017 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXC4P09017 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC4P09017 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC4P09017 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC4P09017 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC4P09017 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC4P09017 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC4P09017 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC4P09017 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC4P09017 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC4P09017 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXC4P09017 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXC4P09017 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC4P09017 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC4P09017 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms