Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL3A1P02461 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms