Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RPF1Q9H9Y2 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
RPF1Q9H9Y2 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
RPF1Q9H9Y2 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms