Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CHMP4AQ9BY43 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CHMP4AQ9BY43 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CHMP4AQ9BY43 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CHMP4AQ9BY43 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
CHMP4AQ9BY43 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CHMP4AQ9BY43 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms