Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.28
CCDC9Q9Y3X0 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
CCDC9Q9Y3X0 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CCDC9Q9Y3X0 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.6 ms