Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIMA1Q9UHB6 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
LIMA1Q9UHB6 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms