Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
PCIF1Q9H4Z3 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PCIF1Q9H4Z3 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
PCIF1Q9H4Z3 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PCIF1Q9H4Z3 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms