Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCA1P28370 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.1 ms