Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USP3Q9Y6I4 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP3Q9Y6I4 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP3Q9Y6I4 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms