Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMD1Q9UGP4 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIMD1Q9UGP4 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIMD1Q9UGP4 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms