Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
DKK3Q9UBP4 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
DKK3Q9UBP4 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
DKK3Q9UBP4 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
DKK3Q9UBP4 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
DKK3Q9UBP4 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DKK3Q9UBP4 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 115.3 ms