Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
UPF3AQ9H1J1 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
UPF3AQ9H1J1 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
UPF3AQ9H1J1 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
UPF3AQ9H1J1 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
UPF3AQ9H1J1 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
UPF3AQ9H1J1 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
UPF3AQ9H1J1 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
UPF3AQ9H1J1 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UPF3AQ9H1J1 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UPF3AQ9H1J1 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms