Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL4A3Q01955 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A3Q01955 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A3Q01955 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A3Q01955 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A3Q01955 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A3Q01955 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A3Q01955 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A3Q01955 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A3Q01955 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A3Q01955 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
COL4A3Q01955 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms