Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LHX1P48742 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LHX1P48742 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LHX1P48742 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LHX1P48742 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX1P48742 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX1P48742 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX1P48742 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX1P48742 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX1P48742 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX1P48742 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX1P48742 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX1P48742 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX1P48742 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LHX1P48742 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX1P48742 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX1P48742 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX1P48742 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX1P48742 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX1P48742 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX1P48742 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX1P48742 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX1P48742 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX1P48742 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX1P48742 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LHX1P48742 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LHX1P48742 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LHX1P48742 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX1P48742 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX1P48742 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX1P48742 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX1P48742 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX1P48742 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX1P48742 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX1P48742 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX1P48742 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX1P48742 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
LHX1P48742 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LHX1P48742 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX1P48742 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX1P48742 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX1P48742 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX1P48742 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX1P48742 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX1P48742 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LHX1P48742 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LHX1P48742 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX1P48742 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX1P48742 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX1P48742 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms