Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
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CLDN9O95484 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLDN9O95484 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
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CLDN9O95484 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
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CLDN9O95484 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
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CLDN9O95484 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
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CLDN9O95484 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLDN9O95484 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
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CLDN9O95484 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLDN9O95484 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLDN9O95484 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLDN9O95484 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLDN9O95484 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLDN9O95484 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLDN9O95484 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLDN9O95484 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
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