Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CPSF3Q9UKF6 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CPSF3Q9UKF6 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms