Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC3Q9BQI4 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC3Q9BQI4 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms