Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP28Q96RU2 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP28Q96RU2 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.4 ms