Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP53Q70EK8 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
USP53Q70EK8 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP53Q70EK8 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP53Q70EK8 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP53Q70EK8 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP53Q70EK8 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP53Q70EK8 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP53Q70EK8 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP53Q70EK8 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP53Q70EK8 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP53Q70EK8 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP53Q70EK8 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP53Q70EK8 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP53Q70EK8 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USP53Q70EK8 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USP53Q70EK8 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USP53Q70EK8 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms