Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SF3A1Q15459 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SF3A1Q15459 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
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