Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC33.51■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC33.5■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC33.5■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC33.5■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC33.49■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC33.49■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC33.49■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC33.48■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC33.48■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC33.48■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC33.47■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC33.47■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC33.47■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC33.46■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC33.46■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.46■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC33.46■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC33.45■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.45■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
TCOF1Q13428 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.43■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC33.43■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC33.43■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC33.43■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC33.43■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC33.41■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC33.4■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.4■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.4■■■□□ 2.94
TCOF1Q13428 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.38■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC33.37■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
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