Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COL4A3Q01955 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A3Q01955 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms