Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCA1P28370 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.9 ms