Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMARCAL1Q9NZC9 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SMARCAL1Q9NZC9 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms