Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQ69

LHX9, LIM/homeobox protein Lhx9, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX9Q9NQ69 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LHX9Q9NQ69 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms