Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TRIM56Q9BRZ2 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms