Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CHD3Q12873 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC18.95■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CHD3Q12873 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CHD3Q12873 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CHD3Q12873 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CHD3Q12873 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CHD3Q12873 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CHD3Q12873 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
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