Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
HOXC9P31274 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
HOXC9P31274 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
HOXC9P31274 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
HOXC9P31274 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
HOXC9P31274 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
HOXC9P31274 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
HOXC9P31274 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
HOXC9P31274 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
HOXC9P31274 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
HOXC9P31274 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
HOXC9P31274 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
HOXC9P31274 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.6■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC29.59■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
HOXC9P31274 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC29.57■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC29.56■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC29.55■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
HOXC9P31274 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms