Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL3A1P02461 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL3A1P02461 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL3A1P02461 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms