Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQ69

LHX9, LIM/homeobox protein Lhx9, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX9Q9NQ69 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LHX9Q9NQ69 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC21.33■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC21.28■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LHX9Q9NQ69 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
LHX9Q9NQ69 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms