Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC3Q9BQI4 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms