Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC42Q96M95 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CCDC42Q96M95 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms