Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC112Q8NEF3 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC112Q8NEF3 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC112Q8NEF3 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms