Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
COL7A1Q02388 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
COL7A1Q02388 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms