Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LIMS1P48059 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms