Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP1O15259 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP1O15259 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP1O15259 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP1O15259 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP1O15259 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
NPHP1O15259 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
NPHP1O15259 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
NPHP1O15259 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
NPHP1O15259 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms