Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2W7

KCNIP3, Calsenilin, humanhuman

Predictions only

Length 256 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KCNIP3Q9Y2W7 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
KCNIP3Q9Y2W7 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
KCNIP3Q9Y2W7 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms