Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VPS4AQ9UN37 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
VPS4AQ9UN37 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms