Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP53Q70EK8 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP53Q70EK8 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
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