Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
COL5A3P25940 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL5A3P25940 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
COL5A3P25940 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms