Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 OLFML1-204ENST00000530135 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 FAM200B-201ENST00000422728 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 SMPDL3B-202ENST00000373894 1878 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 POU2F2-207ENST00000529067 2657 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 RHBDL2-201ENST00000289248 2129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 RNF183-206ENST00000478815 2312 ntAPPRIS P1 BASIC19.8■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 HBP1-201ENST00000222574 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 LTBP3-221ENST00000532932 3327 ntTSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AP000487.2-201ENST00000324630 394 ntTSL 3 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 RNA5SP248-201ENST00000365602 127 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC078882.1-201ENST00000436132 416 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC098934.2-202ENST00000438944 1033 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 CDK2AP2P2-201ENST00000478512 367 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 RN7SL47P-201ENST00000488710 299 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 RN7SL87P-201ENST00000497657 288 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC092284.1-201ENST00000511386 1289 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC104759.1-201ENST00000559109 939 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 Z93930.2-203ENST00000585003 516 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC006547.1-209ENST00000596334 996 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AL117379.1-201ENST00000619319 677 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 LARP7-202ENST00000344442 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 CEP131-202ENST00000374782 3505 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 LINC01623-201ENST00000440244 2458 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 SLC8A2-203ENST00000542837 3603 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 ZDHHC4-202ENST00000396706 1942 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 ORC5-203ENST00000447452 1409 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 BAK1-201ENST00000360661 2132 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 LPCAT1-201ENST00000283415 3966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 MTRF1L-201ENST00000367230 3431 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 MBIP-211ENST00000621657 1809 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 GPSM1-205ENST00000440944 3633 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 MFAP3-201ENST00000322602 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 PGBD2-202ENST00000355360 2879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 ARHGEF3-213ENST00000496106 1994 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 RNF220-203ENST00000361799 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 RNF220-204ENST00000372247 3010 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 MT1F-201ENST00000334350 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 KHDC1L-201ENST00000370388 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 NPPB-201ENST00000376468 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 PGAM1P10-201ENST00000402426 761 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 NOS2P3-201ENST00000411468 867 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 SLC25A6P1-201ENST00000412123 775 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 NOS2P2-201ENST00000426269 867 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC079325.1-201ENST00000430386 857 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AL161727.1-201ENST00000457409 530 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC008021.1-201ENST00000474180 414 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 RNF7-205ENST00000480908 782 ntTSL 4 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC114939.1-201ENST00000520980 514 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 IMMP1L-215ENST00000534812 612 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC068987.3-201ENST00000637934 1195 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 PRKAG1-201ENST00000316299 1683 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
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TCOF1Q13428 GNB5-203ENST00000396335 2678 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 PCDHGA3-203ENST00000619750 2695 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 EPB41L3-201ENST00000341928 4706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AP3M2-207ENST00000518421 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 ACR-201ENST00000216139 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 KLHDC8A-202ENST00000367156 3177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC136604.2-201ENST00000500262 1966 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 KIR2DL4-204ENST00000359085 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 MINDY4-201ENST00000265299 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 ZYX-203ENST00000392910 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 CDH20-202ENST00000536675 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 ZDHHC11-201ENST00000283441 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 TRMT11-202ENST00000368332 1889 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
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TCOF1Q13428 BNIP1-203ENST00000352523 1143 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 VGLL1-201ENST00000370634 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.8-201ENST00000398067 251 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AL590399.1-204ENST00000430302 781 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 HTATIP2-203ENST00000443524 967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 Z69733.1-201ENST00000445990 632 ntTSL 3 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC010997.1-201ENST00000447646 350 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 LINC01606-208ENST00000521653 557 ntTSL 4 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC080023.2-201ENST00000532615 208 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 COX14-204ENST00000550654 580 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC018868.2-201ENST00000559655 1259 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 MIR4526-201ENST00000583168 87 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 MIR5193-201ENST00000584510 109 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.68-201ENST00000612673 282 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AL109954.3-201ENST00000615088 558 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AC012594.1-273ENST00000626618 816 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 GABARAPL1-219ENST00000629504 379 ntTSL 4 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 TACC1-208ENST00000520340 1976 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 PCMTD2-204ENST00000369758 3212 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 TMEM186-201ENST00000333050 1448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 SPAG8-201ENST00000340291 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 LINC02465-203ENST00000513875 1777 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 RUBCNL-201ENST00000378781 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 CEACAM20-204ENST00000617951 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
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