Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 NTNG1-208ENST00000370074 3048 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 PRICKLE1-201ENST00000345127 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 LIMS1-204ENST00000409441 1627 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 LINC01623-201ENST00000440244 2458 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 PIK3CG-201ENST00000359195 5377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 VPS28-201ENST00000292510 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SLC19A1-201ENST00000311124 3811 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SLC25A5-201ENST00000317881 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RN7SKP255-201ENST00000363442 313 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RN7SKP203-201ENST00000363618 332 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RN7SKP71-201ENST00000364558 318 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 7SK.1-201ENST00000365328 331 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 VPS28-202ENST00000377348 1097 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SH3BGR-202ENST00000380631 780 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 GEMIN7-202ENST00000391951 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 NPPC-202ENST00000409852 1051 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AL359853.1-202ENST00000415218 544 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AL132657.1-201ENST00000432530 712 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC243961.1-201ENST00000432559 384 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC024028.1-201ENST00000437145 437 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC245056.1-201ENST00000437631 384 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AL357140.1-201ENST00000454104 424 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SNORA47-201ENST00000458862 138 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 PRDM2-213ENST00000503842 705 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC112250.1-201ENST00000504640 745 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 TRPC7-AS1-201ENST00000514459 460 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 VPS28-210ENST00000529182 1010 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC092862.1-201ENST00000541534 533 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 WNT5B-206ENST00000542408 508 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 LINC00514-203ENST00000573465 313 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 MFSD12-215ENST00000615613 688 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 GLUD1P2-203ENST00000631118 486 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 TRNAU1AP-201ENST00000373830 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 CIC-207ENST00000575354 5473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 UGT3A1-203ENST00000503189 1902 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 FUT6-205ENST00000527106 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 KDM1B-201ENST00000297792 3811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 FZD5-201ENST00000295417 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 PTPN6-202ENST00000399448 2159 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 KCNV1-201ENST00000297404 2927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 INHBC-201ENST00000309668 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 TBCE-207ENST00000543662 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ZNF573-204ENST00000392138 2266 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 INPPL1-213ENST00000541756 4649 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 DLGAP1-204ENST00000400149 5203 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 DDC-206ENST00000431062 1620 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 HAO1-201ENST00000378789 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 VWCE-202ENST00000335613 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 PGM3-201ENST00000283977 2219 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 LAS1L-202ENST00000374807 2386 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC114271.1-201ENST00000612689 2813 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 EFCAB2-202ENST00000366522 6167 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 KLHL13-204ENST00000371882 3256 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 BPIFB1-201ENST00000253354 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 IFITM1-201ENST00000328221 844 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 MAP2K3-203ENST00000361818 2034 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 YTHDF2-201ENST00000373812 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 GEMIN8P4-201ENST00000380526 729 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 TOMM5-203ENST00000401811 789 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 IFITM1-202ENST00000408968 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SIX3-AS1-201ENST00000419364 844 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AL080243.1-201ENST00000423293 1060 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 EMP1-203ENST00000431267 1039 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AL158166.1-201ENST00000433110 371 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 KRT8P38-201ENST00000441370 1430 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 TRGV9-201ENST00000444775 1735 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 RN7SL147P-201ENST00000487345 298 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC107464.2-201ENST00000502923 569 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 USP48-213ENST00000529637 3228 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 DNM1P51-201ENST00000558149 522 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 PIGH-210ENST00000560722 903 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC024361.2-201ENST00000574471 898 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC055811.3-201ENST00000584952 686 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC008736.2-201ENST00000587554 516 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC003070.1-201ENST00000592389 457 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 CR589904.1-202ENST00000611154 660 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC011477.7-201ENST00000617163 1440 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 CCDC197-205ENST00000636493 1279 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 APC2-201ENST00000233607 10151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AC104758.3-203ENST00000562938 2123 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SUSD5-201ENST00000309558 5008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 TBC1D8B-203ENST00000357242 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 CARHSP1-220ENST00000619881 2849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ADPRH-202ENST00000465513 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 SYT9-201ENST00000318881 3955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ANO9-201ENST00000332826 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 L3MBTL1-202ENST00000373134 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 EPHA5-203ENST00000432638 3662 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 KIF26B-202ENST00000407071 7287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ATP6V1H-201ENST00000355221 2365 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 DAXX-203ENST00000414083 2355 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 NCF2-201ENST00000367535 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 PHTF1-203ENST00000369600 3075 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 FAM168A-202ENST00000356467 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 ADAM12-201ENST00000368676 3313 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 FAM200A-202ENST00000449309 2480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 AL669831.1-201ENST00000506640 6432 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 CDIP1-201ENST00000399599 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 FBXO41-201ENST00000295133 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
SMARCA1P28370 KIF9-208ENST00000452770 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.7 ms