Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 WHRN-201ENST00000265134 2847 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 DPH2-202ENST00000396758 1738 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 LSS-201ENST00000356396 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FGD5-AS1-202ENST00000424349 3792 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AL591499.1-201ENST00000307155 1153 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 TMEM79-202ENST00000357501 975 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 NDUFS5-201ENST00000372967 544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 NDUFS5-202ENST00000372969 548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PRSS45-201ENST00000442359 687 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AF186996.6-201ENST00000485294 149 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 VEGFA-224ENST00000523873 784 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 C3orf84-203ENST00000545770 706 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CSRP2-207ENST00000552330 910 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 MIR4687-201ENST00000583618 80 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 NRSN2-205ENST00000608467 504 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CADM1-221ENST00000612235 1042 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 MAP3K14-205ENST00000617331 1049 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC134878.2-201ENST00000620700 1265 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FKBP4P1-201ENST00000507284 1347 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 OXGR1-204ENST00000543457 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC106785.2-201ENST00000564385 1319 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CARS-AS1-201ENST00000499962 2664 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PLAT-201ENST00000220809 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ELP4-223ENST00000640342 1392 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ITGB2-208ENST00000397857 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 METTL13-203ENST00000367737 2865 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 LIPC-202ENST00000356113 2161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ASB3-204ENST00000406687 2205 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 C17orf53-201ENST00000245382 2272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SRSF5-201ENST00000394366 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC023509.3-202ENST00000591834 1609 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 RPS6KL1-210ENST00000555647 3309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ZNF576-201ENST00000336564 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AL031590.1-202ENST00000641466 1737 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 MAGED2-205ENST00000375060 1798 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 HYLS1-201ENST00000356438 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC026790.1-201ENST00000399760 2941 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PLXNA4-203ENST00000378539 2004 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SLC5A11-203ENST00000449109 2069 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PPP1R8-201ENST00000236412 2414 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ZNF426-204ENST00000593003 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SLURP1-201ENST00000246515 537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 LINC00449-201ENST00000366259 872 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 NAT8B-201ENST00000377712 765 ntAPPRIS P1 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 WDR54-202ENST00000409791 854 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 EXTL3-AS1-204ENST00000523789 543 ntTSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC011603.2-201ENST00000548149 675 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC025257.1-201ENST00000550926 375 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 LINC00643-202ENST00000553426 526 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ASGR2-201ENST00000254850 1396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ASGR2-202ENST00000355035 1386 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 MED27-201ENST00000292035 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 TFG-202ENST00000418917 1716 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 BEST1-208ENST00000534553 1829 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 MEFV-209ENST00000541159 1888 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PLEKHB2-205ENST00000409279 2488 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SLC26A6-213ENST00000455886 2460 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC012485.1-201ENST00000456601 2509 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PNLIP-201ENST00000369221 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SNORD88B-201ENST00000408454 91 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 MIPEPP1-201ENST00000413533 2027 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SEC22C-205ENST00000417572 1513 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PGAM5-202ENST00000454808 1084 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 RPL3P9-201ENST00000463217 1183 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SPG20-AS1-203ENST00000493739 566 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC139795.1-201ENST00000499314 838 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC097474.1-201ENST00000506481 1371 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 RPL30P11-202ENST00000509114 358 ntTSL 3 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 LSS-211ENST00000522411 2523 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
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TCOF1Q13428 LINC02352-201ENST00000557928 468 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC026271.4-201ENST00000578214 1833 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC009061.2-202ENST00000602596 696 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC148476.1-201ENST00000622182 705 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 APCDD1L-201ENST00000371149 3426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 GCLM-204ENST00000615724 3008 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 VPS26A-203ENST00000395098 2554 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FAM200A-202ENST00000449309 2480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 TAF6-205ENST00000437822 2318 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 UBA3-201ENST00000349511 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 DIO1-216ENST00000613679 1856 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 HACD3-210ENST00000568793 1824 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AFG3L2P1-201ENST00000521792 1763 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 B3GNT5-202ENST00000460419 3368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 BSCL2-203ENST00000360796 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 NFS1-203ENST00000374092 3012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 BX088651.4-202ENST00000428895 1479 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SEPT9-220ENST00000588690 2919 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC005519.2-201ENST00000554532 1367 ntTSL 4 BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 GLB1L-201ENST00000295759 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 IP6K2-211ENST00000432678 1309 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 AL450322.2-201ENST00000421629 759 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.76
TCOF1Q13428 SRP9P1-201ENST00000445874 261 ntBASIC19.83■□□□□ 0.76
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