Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC39Q9UFE4 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC39Q9UFE4 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms