Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
SMARCAL1Q9NZC9 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SMARCAL1Q9NZC9 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms