Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CCL28Q9NRJ3 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCL28Q9NRJ3 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCL28Q9NRJ3 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCL28Q9NRJ3 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCL28Q9NRJ3 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCL28Q9NRJ3 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCL28Q9NRJ3 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCL28Q9NRJ3 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCL28Q9NRJ3 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCL28Q9NRJ3 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCL28Q9NRJ3 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCL28Q9NRJ3 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 103.1 ms