Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL4A3Q01955 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC23■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.27
COL4A3Q01955 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A3Q01955 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms