Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
HOXC9P31274 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.94■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC29.94■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC29.91■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC29.91■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC29.9■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC29.89■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC29.89■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC29.89■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
HOXC9P31274 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC29.88■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC29.88■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
HOXC9P31274 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms