Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL6A3P12111 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A3P12111 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms