Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CMTM5-204ENST00000382809 378 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 MARCKSL1P2-201ENST00000401037 976 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AL137078.1-201ENST00000446280 404 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC122694.1-201ENST00000510987 563 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CYB5D2-202ENST00000573984 495 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 KRTAP10-4-202ENST00000616689 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SLC4A9-203ENST00000506545 2838 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SEMA7A-202ENST00000542748 3228 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CDC20-201ENST00000310955 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SGK2-201ENST00000341458 2498 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CEP131-208ENST00000575907 3444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 TMEM182-202ENST00000409528 3112 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 FLOT2-210ENST00000585169 2585 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 GJB4-201ENST00000339480 2840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CHMP4C-201ENST00000297265 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 DLGAP1-AS1-201ENST00000317114 1966 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 ELAVL4-207ENST00000448907 1951 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SEPT9-208ENST00000541152 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AL022323.5-201ENST00000624101 2059 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 MMP19-202ENST00000409200 1431 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RBP1-203ENST00000483943 1935 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SLCO2A1-208ENST00000493729 1918 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 TARS2-205ENST00000438568 2188 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC108879.1-201ENST00000438026 828 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 DUX4L31-201ENST00000446466 1136 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 ESRRAP2-203ENST00000453309 822 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 IGKV1OR2-108-201ENST00000453673 353 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC099328.1-201ENST00000498809 1030 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 LUCAT1-201ENST00000511918 828 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AP001102.1-201ENST00000528959 409 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC012146.4-201ENST00000575546 271 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CLPP-205ENST00000596605 646 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AL080250.1-203ENST00000607799 747 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 FBXL19-202ENST00000380310 3796 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SEC13-203ENST00000383801 1479 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 BIVM-202ENST00000448849 3198 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 PSAP-202ENST00000394936 2872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SRRT-217ENST00000618411 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 APOL2-203ENST00000451256 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CCNC-210ENST00000520429 2473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 GFRA1-201ENST00000355422 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC020659.1-201ENST00000309874 2900 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 DTX2P1-201ENST00000425797 1633 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC007383.2-201ENST00000420509 752 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AL359092.2-201ENST00000423330 585 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 LINC00299-203ENST00000444688 537 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AL031587.2-201ENST00000445483 414 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 NMNAT3-212ENST00000511444 873 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 GLIPR1L2-203ENST00000547164 509 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 BLOC1S1-203ENST00000548925 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC022098.2-201ENST00000590528 518 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC092327.2-201ENST00000595705 901 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
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TCOF1Q13428 RFESD-201ENST00000311364 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
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TCOF1Q13428 LIN9-201ENST00000328205 3567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 C12orf66-201ENST00000311915 2698 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 EFNB1-201ENST00000204961 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SLC29A4-201ENST00000297195 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CLUAP1-201ENST00000341633 1643 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 PPP3R1-201ENST00000234310 3023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RGS9-201ENST00000262406 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 PPP1R13L-201ENST00000360957 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 MSH5-202ENST00000375740 2669 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 KIF12-201ENST00000374118 2001 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RANGRF-201ENST00000226105 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RNF181-201ENST00000306368 569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 WFDC2-203ENST00000342873 818 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AP001331.1-201ENST00000413008 1015 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 DNM1P46-202ENST00000415963 882 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 TTTY18-201ENST00000438677 221 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 DLGAP4-AS1-203ENST00000439595 1207 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RNF181-203ENST00000441634 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RN7SL672P-201ENST00000474091 317 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC016650.1-201ENST00000502834 708 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC107959.3-201ENST00000520840 484 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 DDX11L8-201ENST00000535849 366 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC120498.5-201ENST00000561757 299 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 IFNL3P1-201ENST00000595082 501 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 TMEM230-211ENST00000615008 594 ntTSL 4 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC009041.4-201ENST00000620075 638 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 LINC00969-322ENST00000630170 584 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
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